Диодор писал, что Геракл, сын Зевса, перегородил течение Нила и тем самым спас жизнь людей, живших на его берегах. В благодарность жители воздвигли храм, посвященный герою, и назвали в его честь город.
Гераклиону отводили немаловажную роль — это был главный морской порт в устье Нила. Жители города были хорошо образованы благодаря контактам с иностранными купцами и моряками, которые часто посещали город по дороге в Египет. Главный храм города был посвящен богу Амону.