Руины были скрыты от исследователей под толщей воды и ила на глубине около 10 метров в бухте Абукир, что примерно в трех километрах от побережья Александрии. При одном из погружений французский археолог Франк Годьо внезапно наткнулся на черную гранитную плиту, на которой белым по черному было высечено слово «Гераклион».
Кроме хорошо сохранившейся стелы, были обнаружены тысячи других предметов, которые не оставили никаких сомнений: это тот самый легендарный город, о котором современникам мало что известно, хотя в трудах древних он фигурирует часто.